2011年11月01日 成立 靶向药物临床研究专项基金管理委员会，2021年04月16日靶向药物临床研究专项基金 更名为 癌症防治发展专项基金，成立癌症防治发展专项基金管理委员会；主任委员：崔宝善；支持开展靶向药物研究、肿瘤靶向治疗、细胞治疗应用研究活动，癌症防治科普宣传公益活动。
2012年09月23日 成立 功能医学发展专项基金管理委员会，2015年02月08日 提前换届成立第二届专项基金管理委员会；主任委员：吴非；支持开展功能医学理论研究、慢性病营养与运动干预研究、相关学术交流和人才培训、功能医学科普知识传播等公益活动。
2013年01月08日成立老年医学发展专项基金管理委员会，2018年02月08日换届成立第二届专项基金管理委员会；主任委员：李小鹰；支持开展中国老年医学科标准化建设、老年医学科医师培训、举办中国老年医学和老年健康产业大会、相关指南共识撰写与推广等公益活动。
2016年7月27日 在京成立细胞与基因治疗专项基金管理委员会；主任委员：陈 虎；支持开展细胞与基因治疗临床研究、抗衰老应用研究和成果转化，开展细胞与基因治疗相关学术交流和人才培训，开展患者救助等活动。
2018年06月22日 成立慢性呼吸疾病防治专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展慢性呼吸道疾病预防、临床规范化诊疗、慢性呼吸道疾病患者康复训练辅导、相关学术交流和人才培训、健康科普等公益活动。
2019年3月18日 成立网络科普与文化专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展健康中国行动相关健康科普视频资料编导、制作与网络传播、相关 学术交流和人才培养公益活动。
2019年04月22日 成立 生殖健康专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展生殖健康生物医药研究与成果转化、相关学术交流、科普知识传播等公益活动。
2019年09月18日 成立 医学交流直播专项基金管理委员会；主任委员：常映明；支持开展互联网医学交流直播平台建设、开展互联网医学继续教育、学术交流、患者健康教育等公益活动。
2019年12月30日 成立 儿童青少年健康促进专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展儿童青少年健康教育、普及控烟、近视预防、科学营养、合理运动、心理健康、青春期保健、疾病预防、健康生活方式养成等相关公益活动。
2020年10月29日 成立 医学专科能力建设和发展专项基金管理委员会；主任委员：张慧洋；支持开展医学继续教育和职业教育、专科指南共识制订与推广、现代医院管理能力建设相关学术交流等公益活动。
2020年11月12日 成立 脂肪肝防治专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展脂肪肝防治多中心应用研究、探索脂肪肝健联体建设、相关学术交流和人才培养等公益活动。
2020年11月11日成立医保事业发展专项基金管理委员会；主任委员：应亚珍；支持开展医保事业相关的医疗保障政策、理论、学术研究与培训等工作，推动医保科研工作的发展。
2012年06月19日 成立 健康教育专项基金管理委员会，2018年03月09日换届 成立第二届专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展健康教育人才培养、探索创新健康教育服务模式、健康教育相关学术交流、编辑出版健康科普资料等公益活动。
2008年05月01日 成立 抗衰老医学研究专项基金管理委员会，2014年6月专项基金管理委员会换届；主任委员：常映明；支持开展抗衰老相关技术研究、老年慢性疾病健康管理、相关学术交流与人才培训、健康科普宣传等公益活动。
2010年11月01日 成立医学数字影像专项基金管理委员会，2015年03月12日 换届成立第二届医学数字影像专项基金管理委员会；主任委员：张慧洋；支持开展医学数字影像技术临床应用研究、相关学术交流和人才培训等公益活动。
2012年08月05日 成立 医药知识管理专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古；支持开展《药师药学服务胜任力评价标准》转化研究、《医保支付的药学服务标准与支付标准专家共识》研究、药学相关学术交流、药师培训、合理用药科普宣传等公益活动。
2010年05月01日 成立青少年身心健康专项基金管理委员会，2016年3月13日青少年身心健康专项基金 更名为 身心健康专项基金，成立身心健康专项基金管理委员会；主任委员：常映明;支持开展身心疾病规范化诊疗和继续医学教育、相关学术交流和人才培训、健康科普知识传播等公益活动。
2014年10月25日在京成立 健康管理示范基地建设与发展专项基金管理委员会；2019年02月19日正式更名为 健康管理与科技创新专项基金，管理委员会换届； 主任委员：吴 非;支持开展健康管理创新研究、健康管理适宜技术转化应用研究、健康管理学科建设等公益活动。
2015年05月28日 成立 红外医学发展专项基金管理委员会，2019年08月22日换届成立专项基金第二届管理委员会；主任委员：袁云娥;支持开展红外医学在健康管理中应用研究与成果转化、相关学术交流和人员培训等公益活动。
2015年04月24日 成立 基层健康管理服务专项基金管理委员会；主任委员：徐卸古;支持开展基层健康管理学术交流、人才培训、健康科普宣传等公益活动。